5. Navržení designu a příprava vzorků pro sekvenování nové generace pomocí metody genového nabohacení (gene enrichment) SeqCap EZ Choice společnosti Nimblegen (nově také IDT target capture)

• Metoda SeqCap EZ Choice umožňuje fyzicky selektovat pro zákazníka relevantní fragmety genomové DNA (v úsecích o průměrné délce přibližně 300 bp), které se následně sekvenují na sekvenátorech nové generace (například Illumina HiSeq2000 nebo Roche Junior), například všechny exony libovolného počtu genů. Selekce probíhá na principu hybridizace gDNA fragmentu s DNA oligopróbou, která je fixovaná na matrici, což je princip v podstatě totožný technologií DNA microarrayí.
• Tento přístup dramaticky snižuje náklady na sekvenování nové generace. Označení jednotlivých vzorků odlišnými indexovacími markery totiž umožňuje v jedné reakční směsi (jedné komoře sekvenátoru) osekvenovat větší počet vzorků. Ty se totiž smíchají dohromady ještě před vlastní vychytávací hybridizací a dále už jsou zpracovány jako jeden vzorek.
• Metoda umožňuje amplifikovat materiál, není-li dostatečný pro následné sekvenování, pomocí metody LM-PCR, a to jak před, tak i po vlastním vychytáním na hybridizační matrici.

Další informace o technologii zprostředkované IDT Inc. "target capture" jsou zde.