-
Funkce: kompletní servisní zpracování vzorků genomové DNA pro nabohacení gDNA fragmentů a sekvenování nové generace (pro snížení nákladů)
- Ve spolupráci se skupinou Dr. Vladimíra Kořínka z Ústavu molekulární genetiky byla v rámci společného grantového projektu vyvinuta sada pro gene enrichment ze vzorků genomové DNA lidských pacientů.
- Tato sada umožňuje výrazné snížení nákladů na sekvenování nové generace tím, že ze směsi fragmentované gDNA izoluje pouze fragmenty obsahující exony transkriptů čtyřiceti tří kritických genů asociovaných s rozvojem kolorektálního karcinomu. Při následné sekvenaci lze několik vzorků spojit do jedné sekvenovací linie a jednoho běhu přístroje, čímž se náklady několikanásobně sníží. Vlastním sekvenováním lze v těchto genech identifikovat polohu a frekvenci mutací a stav nestabilních expanzivních mikrosatelitních sekvencí (MSI trakty) a korelovat je s diagnózou a prognózou vývoje onemocnění u pacienta.
- Function: complete processing of genome DNA samples by gene enrichment of gDNA fragments and the following next-generation sequencing (to considerably lower overall costs)
- In cooperation with the research group of Dr. Vladimir Korinek at the Institute of Molecular Genetics in Prague, and as part of our mutual grant project, we developed gene-enrichment set for samples of genomic DNA from human patients.
- This set enables to significantly lower the costs for next-generation sequencing in that it isolates only gDNA fragments containing exons of 43 critical genes associated with the development of colorectal carcinoma. Multiple samples can be combined into one line/run on the next generation sequencing machine, which lowers the overall cost several times. The sequencing enables to identify position and frequency of point or short-length sequence mutations or the state of the instable microsatellite sequences (MSI tracts) and correlate them to/with diagnosis and prognosis of the disease.
