CHIP CONTROL – sada párů primerů pro kontrolu kvality procesu chromatinové imunoprecipitace a reagencií používaných při tomto procesu

• použití jako reference při stanovení aktivity regulačních DNA elementů v lidském genomu pomocí real-time kvantitativní PCR (chemie SYBR Green)

• vyvinuto pro lidské vzorky genomové DNA získané metodou chromatinové imunoprecipitace

• relativní kvantifikace metodou delta-delta-Ct

• sada zahrnuje páry primerů pro amplifikaci následujících cílových referenčních regulačních elementů: 

Provozní lokusy (angl. hoousekeeping loci), které jsou ve většině buněk přepisovány na relativně konstantních hladinách. Lze je použít jako pozitivní kontroly v analýzách histonových modifikací vzorků z chromatinové imunoprecipitace. Jedná se o cílové elementy v následujících genech: GAPDH, RPL30, RPL30, ALDOA, PGK1, PGK1.

Tkáňově specifické lokusy, jejichž expresní aktivita je ve většině buněk utišena. Lze je použít jako pozitivní kontrolní lokusy při analýze histonových modifikací přítomných v neaktivních lokusech. Zároveň je lze použít jako negativní kontrolní lokusy při analýze histonových modifikací nepřítomných v neaktivních lokusech. Jedná se o cílové elementy v následujících genech: MyoD1, AFM, F8, SAA4, GAD1, SERPINA1.

Heterochromatické lokusy, které obsahují satelitní repetice a které lze použít jako pozitivní kontroly v analýzách vzorků z chromatinové imunoprecipitace ke stanovení proteinů a jejich modifikací přítomných v heterochromatinu. Jedná se o následující cílový element: alfa satelitní repetice.

Páry primérů pro lokusy gamma aktinu, které lze použít pro stanovení relativního množství proteinů nebo jejich modifikací v konstitutivně aktivním lokusu gamma aktinu. Jedná se o dva cílové elementy v genu ACTG1.

• formáty:
• sada mikrozkumavek s jednotlivými primery o koncentraci 100 µM
• destička s lyofilizovanými primery, stačí už pouze rozpipetovat master mix s genomovou DNA