CHICKBONE - sada párů primerů pro analýzu exprese genů kuřete (Gallus gallus) zapojených do signálních drah TGF-beta/BMP - nezávisle validovaná verze 1.0

 

  • kat. č. KRD-P-0441-20
  • měření genové exprese na úrovni mRNA pomocí real-time kvantitativní PCR
  • vyvinuto pro kuřecí vzorky (Gallus gallus) totální RNA nebo purifikované mRNA, přepsané na cDNA (chemie SYBR Green)
  • relativní kvantifikace metodou delta-delta-Ct vůči vybraným referenčním genům (GUSB, HPRT-1) 
  • formáty: libovolná zákaznická řešení s použitím destiček firmy 4titude a dalších, dle přání zákazníka
  •     sada mikrozkumavek s jednotlivými primery o zásobní koncentraci 100 µM
  •     destička se zamraženými primery, stačí už pouze rozpipetovat master mix s cDNA
  • sada vyvinuta na přístroji Roche LC480 a validována na přístroji Eppendorf Realplex 4 EP Gradient s použitím Takara Ex Taq II mastermixu
  • doporučovaný, přístrojově univerzální mastermix Takara Ex Taq II umožňuje rychlé přenesení metody na další přístroje: ABI PRISM® 7000/7700, Applied Biosystems 7300/7500/7500 Fast Real-Time PCR System, StepOne™ Real-Time PCR System, alterantivně lze využít mastermix Takara Ex Taq, který doporučume jako první volbu pro přístroj Thermal Cycler Dice™ Real Time System
  • sada zahrnuje následující cílové geny:    
 Genové symboly (lidské ortology)   Kuřecí Ensemble gene ID   Cílová kuřecí mRNA refsekvence / Ensemble transcript ID 
 ACVR1   ENSGALG00000012551   NM_204560 
 ACVR2A   ENSGALG00000012444   NM_205367 
 AMH   ENSGALG00000024368   NM_205030 
 BAMBI   ENSGALG00000007359   NM_001195401 
 BMP2   ENSGALG00000008830   NM_204358 
 BMP3   ENSGALG00000010898   NM_001034819 
 BMP4   ENSGALG00000012429   NM_205237 
 BMP5   ENSGALG00000016293   NM_205148 
 BMP6   ENSGALG00000012787   ENSGALT00000020862 
 BMP7   ENSGALG00000007668   ENSGALT00000033537 
 BMPR1A   ENSGALG00000002003   NM_205357 
 BMPR1B   ENSGALG00000012216   NM_205132 
 BMPR2   ENSGALG00000008459   NM_001001465 
 ENG   ENSGALG00000005060   NM_001080887 
 FST   ENSGALG00000014908   NM_205200 
 GDF2   ENSGALG00000005981   NM_205432 
 GSC   ENSGALG00000010974   NM_205331 
 GUSB   ENSGALG00000002542   NM_001039316 
 HPRT1   ENSGALG00000006098   NM_204848 
 ID1   ENSGALG00000006210   NM_204590 
 ID2   ENSGALG00000016403   NM_205002 
 INHA   ENSGALG00000011234   NM_001031257 
 INHBA   ENSGALG00000012327   NM_205396 
 ITGB5   ENSGALG00000011778   NM_204483 
 PLAU   ENSGALG00000005086   NM_205443 
 RUNX1   ENSGALG00000016022   NM_205227 
 SMAD1   ENSGALG00000009977   NM_001201455 
 SMAD2   ENSGALG00000014184   NM_204561 
 SMAD3   ENSGALG00000007870   NM_204475 
 SMAD5   ENSGALG00000006309   NM_001014968 
 STAT1   ENSGALG00000007651   NM_001012914 
 TGFB3   ENSGALG00000010346   NM_205454 
 TGFBR1   ENSGALG00000012617   NM_204246 
 TGFBR2   ENSGALG00000011442   NM_205428 
 TGFBR3   ENSGALG00000006038   NM_204339 

TGFß Superfamily Ligands: 

Activin: INHA, INHBA.
BMP: AMH, BMP2, BMP3, BMP4, BMP5, BMP6, BMP7, GDF2 (BMP9), .
TGFß: TGFB3.
Inhibitor/Cofactors: BAMBI, FST.
 
TGFß Superfamily Receptors: 
Activin: ACVR1 (ALK2), ACVR2A.
BMP: BMPR1A (ALK3), BMPR1B (ALK6), BMPR2.
TGFß: TGFBR1, TGFBR2, TGFBR3.
 
Transcription Factors and Regulators: GSC, ID1, RUNX1 (AML1), SMAD1 (MADH1), SMAD2 (MADH2), SMAD3 (MADH3), MAD5 (MADH5), STAT1.
 
SMAD Target Genes:
TGFß/Activin-Responsive: GSC.
BMP-Responsive: ID1, ID2, STAT1.
Molecules Regulating Signaling of the TGF-ß Superfamily: BAMBI, ENG (Evi-1), FST (Follistatin), PLAU (uPA), RUNX1 (AML1).
 
Adhesion and Extracellular Molecules:
Adhesion Molecules: ENG (Evi-1).
 
Genes Involving in Cellular and Developmental Processes:
Apoptosis: INHA, INHBA, STAT1.
Embryonic Development: BMP4, INHBA, SMAD3.
Muscle Development: SMAD3.
Neurogenesis: INHA, INHBA.
Reproduction: AMH, FST (Follistatin), INHA, INHBA.
Skeletal Development: BMP2, BMP3, BMP4, BMP5, BMP6, BMP7, BMPR2, INHA, INHBA.