Nabídka zaměstnání

Open position: research assistant / bioinformatician for molecular-biological laboratory of applied research

We are looking for a new colleague for analysis of high-throughput functional-genomics data, ideally with experience in analysis of clinical data. Main applications will be HRM, ChIP-chip, expression profiling using microarrays, aCGH, ChIP-seq, shot-gun resequencing, RNA-Seq. The candidate will be involved in the design of gene-enrichment assays for next-gen sequencing platforms. One of the major tasks will be computational analysis of primary experimental data as well as higher-level meta-analysis using publicly available databases for comparison with primary experimental data. The candidate should be also able to develop simple Java web applications for specialized laboratory projects.

Requirements:

·         university degree (MSc., Ph.D.) in Biology or Mathematics or Medicine (or combination) with study program strongly focused on the combination of biology (esp. molecular genetics) and computational informatics

·         advanced knowledge of molecular biology and biostatistics

·         practical knowledge of Java programming

·         knowledge of web-based bioinformatic tools and databases – UCSC, ENSEMBL, PRIMER-BLAST, OLIGO-BLAST, BIOMART, GO DB, KEGG DB, OMIM, PUBMED

·         knowledge and experience with next-gen sequencing (data)

·         practical experience with wet–lab methods (cell cultivation, PCR, vector cloning, sequencing, cell fractionation based on differential centrifugation and chromatography, PAGE, Immunoblotting, microarray processing) is advantage

·         experience with working in a multidisciplinary team – e.g. communication and cooperation with clinical professionals

·         knowledge of unix-based operating systems, especially linux

·         advantage is: practical knowledge of statistical programming language R (BioConductor) and programing languages like PERL, Python etc. and deeper understanding of physical-chemical principles of oligonucleotide interaction, for example when applied to the oligonucleotide primer and probe design

·         self-preparation and conduction of oral presentations, self-activity and flexibility

We are offering:

·         Working on interesting biomedical topics in newly established company laboratories.

·         Opportunity for further carrier development.

·         Excellent salary scale.

Hledáme kandidáta na pozici výzkumného pracovníka/ bioinformatika do aplikované laboratoře působící v oblasti molekulární biologie.

Kandidát by měl mít zkušenosti s hledáním analytických řešení v oblasti „high-througput“ genomiky, ideálně s analýzou klinických dat těmito metodami. Hlavními aplikacemi, kterými se pracovník bude zabývat budou HRM, ChIP-chip, expresní profilování pomocí mikroarrayí, aCGH, ChIP-Seq, shot-gun re-sekvenování, RNA-Seq. V rámci těchto aplikací bude kandidát navrhovat nabohacovací eseje pro NGS-resekvenování, provádět primární, sekundární i meta-analýzy dat. Kandidát by měl zároveň poskytovat podporu ve vývoji jednoduchých Java aplikací v rámci specializovaných projektů laboratoře.

Požadavky:

·         dokončené VŠ vzdělání v biologických, matematických či medicínských oborech; vždy se silným studijním zaměřením na kombinaci biologického oboru a informatiky (Mgr., Ing., Ph.D.)

·         znalosti molekulární biologie a biostatistiky,

·         základy programování v jazyce Java,

·         znalost webových bioinformatických nástrojů – UCSC, ENSEMBL, PRIMER-BLAST, OLIGO-BLAST, BIOMART, GO DB, KEGG DB, OMIM, PUBMED,

·         zkušenosti s nástroji sekvenování nové generace,

·         praktické znalosti fungování biologické laboratoře,

·         zkušenosti z působení v multioborovém týmu – např. spolupráce s kliniky,

·         znalost operačních systémů založených na Unixu a LINUXu,

·         výhodou je znalost statistického programovacího jazyka R (BioConductor) a dalších programovacích jazyků jako PERL, Python atd. a hlubší porozumění fyzikálně-chemickým principům interakce oligonukleotidů, například při navrhování primerů a sond

·         prezentační schopnosti, samostatnost a flexibilita

Nabízíme:

zajímavou odbornou práci na aktuálních biologických a medicínských tématech

práci v moderně zařízených laboratořích

možnost dalšího vzdělávání v oboru

vynikající platové podmínky